El miércoles 25 de septiembre de 1963, después de solo siete meses en el cargo, Bosch fue derrocado por un golpe de estado encabezado por el coronel Elías Wessin y Wessin y sustituido por una junta militar de tres hombres. Bosch volvió a exiliarse en Puerto Rico.
A menos de dos años, un descontento creciente generó otra rebelión militar el 24 de abril de 1965, que exigía la restauración de Bosch. Los insurgentes estaban al mando del coronel Francisco Alberto Caamaño. El 28 de abril, los Estados Unidos entran a la contienda enviando 42 000 soldados al país.
Se formó un gobierno interino y se fijaron nuevas elecciones para el 1 de julio de 1966. Bosch regresó al país y se lanzó como candidato presidencial de su partido. Sin embargo, hizo una campaña algo menos intensa, temiendo por su seguridad y creyendo que sería expulsado de su cargo por el ejército otra vez si ganaba. Fue derrotado por Joaquín Balaguer, quien obtuvo el 57% de los votos.
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